Typisch für ausgewachsene Weißkopfseeadler ist das weiße Gefieder an Kopf und Hals. Auch die Schwanzfedern sind weiß, Flügel, Bauch und Rücken sind gleichmäßig dunkelbraun gefärbt. Der Schwanz ist leicht keilförmig und im Vergleich zu anderen Greifvögeln nur mäßig lang. Die Krallen und Beine sowie der Schnabel sind hellgelb gefärbt und nicht befiedert.
Junge Weißkopfseeadler tragen ein braunes Gefieder ohne eine Weißfärbung, wodurch die Jungvögel in den felsigen oder bewaldeten Umgebungen kaum auffallen. Mit 3 Monaten ist der Jungvogel bereits ausgewachsen und verlässt das Nest. Noch unerfahren bietet ihm das dunkle Gefieder einen gewissen Schutz. Er kann sich in Revieren anderer Vögel aufhalten, ohne direkt vertrieben zu werden.
Erst im Alter von 3-4 Jahren entwickelt sich die typisch braun-weiße Gefiederfärbung. Das Gefieder verfärbt sich langsam von Mauser zu Mauser, bis der Vogel mit 7-10 Jahren vollständig ausgefärbt ist, und den weißen Kopf, sowie Stoß hat. Erst dann erreichen die Adler auch die Geschlechtsreife. Auch der Schnabel der Jungvögel ist zunächst dunkel gefärbten, und hellt sich mit zunehmendem Alter auf.